10月11日，全国政协副主席、科技部部长万钢出席国新办新闻发布会，科技部部长万钢对科研经费“恶性问题”连说两个“愤怒”，并表示“痛心”和“错愕”。
根据近三年审计机关对国家各部委、各省份预算执行和其他财政收支情况发布的数百份年度审计报告，发现涉及“问题科研经费”的至少有39份，问题均发生于2007年至2012年这五年之内。
39份审计报告显示，科研经费“扩大用途”“挤占挪用”已成普遍现象：一些单位用科研经费给职工发工资奖金，或是用作人员、办公经费。比如2012年，国家旅游局所属中国旅游研究院在课题研究经费中违规提取院基金83.84万元，主要用于人员经费和办公经费等支出；2009年至2011年，中科院生物物理所在科研经费中列支工资福利费等1278.11万元，其中2011年发生532.3万元。
2009年至2012年10月，科技部所属知识产权中心在课题经费中列支职工食堂餐卡充值费13.48万元；2011年，中科院地理科学与资源研究所在碳专项项目中列支无关人员会议费、考察费等69.18万元；2007年至2009年，陕西两所高校分别用项目经费41.9万元和29.36万元购买小轿车和旅行车各1辆；陕西15所省属高校2007年至2009年29个“科技创新”项目中，列支家庭和个人电话费、私家车保险费和汽车油料费等38.38万元；2008年至2010年，贵州两所高校挤占挪用教学科研等办学经费等1745.4万元，主要用于高校经济适用房建设及投资经营性资产等支出；山东省省教育厅所属13所大学编报科研经费项目支出预算9.43亿元，未细化到具体项目，全部填列为其他商品和服务类支出。
在中国，科研项目已被视为“圈钱项目”，无论是科研机构还是大专院校，科研经费已成为人人争抢的“香馍馍”。
广东省针对2008年至2009年重大科技资金审计发现，有1个县级市的项目单位弄虚作假，骗取资金108万元；部分项目单位将不属于项目范围的支出941万元和项目立项之前的支出1392万元列入项目成本;有1个市的项目单位违反合同规定自行调减建设规模多获资金191万元。2008年至2010年，在广东省级结构调整重点技术改造和技术创新专项资金执行中，有4个项目单位以不实材料申报获取省级资金250万元。
在广东省2008年至2010年产学研省部合作资金执行运用中，除存在扩大使用范围、挪用专项资金外，还有2家企业4名工作人员涉嫌贪污资金47.8万元；2008年8月，民航局机场司自行同意将委托中国民航工程咨询公司代管的课题经费结余37.03万元，转作公司收入。
为了吃到“唐僧肉”，一些人总能想出各种歪招，巧立名目之多，令人眼花缭乱。“科研经费就是个筐，啥都可以往里装。”
近年来，我国科技研发经费支出每年以20%以上的速度递增。2012年，全年研究与试验发展经费支出达10240亿元，占GDP的1.97%。建设“创新型国家”的力度不可谓不大。然而，多年以来，国家科研经费投入的结果都是，发表的科研成果、论文多，形成产业化的少。可以说，中国科研领域因课题而滋生的腐败已成顽疾。
从学者到课题组再到中间组织和项目主管官员、部门，已经形成了一个利益一体的食物链，彼此都在各自的环节吞食着科研经费。靠山吃山、靠水吃水的规则之下，科研经费在自利与自肥之中消弭于无形。
科研经费腐败不是某一个环节出了问题，“吃经费”已成为一种内生的潜规则，整个学术生态都发生了异化，从立项、审核、审批到经费拨付以及项目的验收和监管等，每个环节都无一幸免。造假也能审批，不论证也可立项，未完成也可通过验收，条件不够也能获得奖金，由此可见，那些实质性的把关程序，已沦为摆设。
有人说，制度性问题终还得靠制度来解决，遏制科研经费腐败关键在于要实施有效的制度设计。一是要有明确而具体的经费使用标准，对人员费用应有严格限制，防止科研经费成为随意使用的“筐”；二是要实行分权，将监督、分配和使用三者进行分离，防止主管部门既当运动员，又当裁判员。同时，要建立起一套学术规范、规划、责任、权力、财务管理制度，实现权责利的统一；三是要强化审计的把关作用，应当对从费用预算到事中事后都进行专题审计，并由审计部门对其结果负责；四是必须对腐败行为进行严厉打击，对于相关主管责任者要进行问责；五是必须建立公开透明的信息发布机制，接受媒体和公众的监督，将科研经费“置于阳光下”。
制度严格了，真的有效果么？
事实上，相比美国来说，中国与科研经费申请和使用的相关规定和监管措施更严苛、更详尽，报销时除了发票，还需要各种辅助证据，如购买合同、银行付款记录、相关人员的证明等等，费用报销票据和过程的繁琐已经成为枷锁让诚实按照规矩办事的人举步维艰，但凡票据不全，一些即便是真实、正当的科研花费也不能报销。而在美国，仅凭收据就可以报销。然而奇怪的是，美国科研人员贪污违规情况虽然也有但并不多见，而中国这种现象却普遍而经常。
可以说，由于规矩太过细致严密，完全照章办事会一事无成，因此追求绩效的用人单位也只能对违规者睁一只眼闭一只眼。
另外，中国规则虽然严密，却有两个可以冲破规则的致命武器，一是权力，二是人情。有了权，规则就形同虚设，即使当权者自己不开口要求违规，也自会有人帮你安排得妥妥贴贴。还有，中国是一个人情社会，你让我绕个道，我帮你开个后门，规矩就在不知不觉中废掉了。就这样，一个的“劣币驱逐良币”的环境形成了。
比较中国和美国的科研经费政策，其中有一个显著的差别是美国科研经费的相当比重用来为科研人员发工资和福利，而中国的科研经费是不能或很少用于科研人员的工资、奖金和福利的。目前在中国领导高科技企业的项晓东博士曾经在美国伯克利国家实验室任职，在中国和美国都有丰富的科研经验。他认为中国目前有关科研经费管理的政策仍然是早年计划经济的产物，当年参与科研的都是公立大学和科研事业机构人员，其工资都由政府制定和发放。而现在国家科研项目参与者已经扩展到私企及国企，若科研经费不能或很少可用于科研人员的工资，则很难支撑其承担科研项目的创新原动力──人才费用。而只有设备购置，没有人才参与的项目是不可能完成创新的，与时俱进的改革很有必要。美国科研经费用于人才的费用只能按照用人单位按市场标准制定的人员工资标准发放，科研项目负责人无权发放奖金，从而避免了贪腐渠道，可以借鉴。
这项政策差别给中国带来两个问题：、对于公立大学和国家研究机构来说，教师和研究人员的基本工资很低，与目前的生活成本以及知识分子的市场价值相差甚远，因此他们必须自己赚一些“外块”来维持日常生活，而能够拿到国家各类科研基金的教师都是比较的，如果他们把时间和精力都放在科研项目上，而做项目又不能带来额外的经济收益，那么面对日益昂贵的市场，生活很难。这就是造成从科研经费报销一些非科研发票这种“潜规则”盛行的经济基础。第二、对于参与科研的企业来说，科研经费只能买设备而没有相应的人员工资配套，无疑让项目的实施成为跛腿鸭，于是很多参与科研的企业也只好普遍违规。
当然，任何严密的规则都会有漏洞，也都会有以身试法的人钻空子。但是，如果游戏规则失灵而潜规则盛行，那么就是规则出了问题。
重审现行的科研经费政策，如何让规则更人性化、更符合现在的经济和市场环境，而不是把所有科研人员都当成潜在罪犯，把网结得更密实。顺从人性、让诚实的科研人员在不违规的情况下可以把项目做完、做好的规则，才是好规则，否则明面上严密的规则迟早会被“潜规则”所替代。在研究经费中，容许科研人员提取部分研究工资，这样一方面鼓励好的人从事科技研究，也理顺那些过时的、与现实情况相悖的规定。更重要的是，减少“潜规则”扭曲人性的几率，不再源源不断输送营养培养“腐败分子”。
