肝素酶II（heparinase II）可降解肝素和硫酸乙酰肝素，是肝素结构研究、临床诊断和工业质控的有力工具。

肝素酶I（heparinase I）可降解肝素和硫酸乙酰肝素，是肝素结构研究、临床诊断和工业质控的有力工具。

肝素酶II切断硫酸乙酰肝素和少量肝素(相对活性约2:1)在葡萄糖胺和糖醛酸(包括葡萄糖醛酸和艾杜糖醛酸)之间的连键，产物主要是二糖。

肝素酶I切断肝素和硫酸乙酰肝素(相对活性约3:1)在葡萄糖胺和O-硫酸艾杜糖醛酸之间的连键，产物主要是二糖。此酶也能切断肝素分子中的抗*III结合五糖位点。

肝素酶III切断硫酸乙酰肝素在葡萄糖胺和葡萄糖醛酸之间的连键，产物主要是二糖。此酶对肝素及低分子肝素无活性。

肝素酶III（heparinase III）可降解乙酰肝素，是肝素结构研究、临床诊断和工业质控的有力工具。