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HiSeq系列测序系统也成为高通量、生产级测序实验室的平台。基于成熟的HiSeq2500系统，凭借最初为HiSeqX™Ten系统而开发的有序流动槽技术，HiSeq3000/HiSeq4000系统带来了的速度和性能。
HiSeq3000/HiSeq4000系统的每个流动槽在3.5天内可产生>750Gb的数据。双流动槽的HiSeq4000系统（图1）具有的单日测序通量和每个样品的价格，适合泛的应用。HiSeq4000系统每天可产生>400Gb测序数据，每次运行通量高达1.5Tb。
这种更强的测序能力意味着可以以更高的测序深度完成更多样品的检测，同时，以更短时间获取更加丰富、更有意义的数据。大型研究项目能够更快完成，且手工操作时间更短，成本更低。HiSeq3000系统的每个流动槽产量与HiSeq4000系统相同，但每次只能处理一个流动槽，故每天能产生>200Gb数据，单次运行通量为750Gb。
利用在HiSeqXTen系统上引入的有序流动槽新技术，HiSeq3000/HiSeq4000系统带来了出色的测序通量。有序的流动槽上的固定位置包含了数十亿个纳米孔（图2）。
这种有序的结构使得簇间隔均匀和大小均一，便于准确分辨以*密度成簇的流动槽。的成簇方法，排斥扩增技术，确保单个孔中只有单个DNA模板结合并形成簇，带来高的孔占有率和的数据产量。利用这一技术，HiSeq3000/HiSeq4000系统的每个流动槽在3.5天内可完成多达6个基因组、50个全转录组样品或90个外显子组测序。
HiSeq3000/HiSeq4000系统融合了行业的SBS技术和创新的有序流动槽技术，带来了的单日通量，的运行时间和每个样品的成本，适合更广泛的应用。有了HiSeq3000/HiSeq4000系统，每个实验室都能接触到的测序技术，并增强他们的基因组学实力。
