RS II 高通量基因测序仪

性能指标

1. 测序读长：平均读长 3-12 Kb，最长可达30Kb；
2. 一致性准确率：一致性准确率可达 99.99%；
3. GC含量检测能力：无需PCR扩增，适合GC含量基因组；
4. 碱基修饰：可直接读取，并可以检测未知碱基修饰及DNA损伤类型；
5. 有效数据产量/Cell：0.5-1.2G/Cell；
6. 输出数据格式和数据兼容性：数据格式和二代兼容；
7. 软件：smrt analysis提供二级数据分析。

主要应用

1. 未知物种全基因组从头测序；
2. 已测序物种的基因组重新测序；
3. 特定目标区域深度测序；
4. 微生物多样性分析（全长16S rRNA 测序）；
5. 无需拼接的转录组测序；
6. 甲基化修饰等表观遗传学研究；
7. 多重PCR扩增片段测序。

样品要求

1. 基因组或PCR产物：双链DNA，未曾反复冻融，未曾暴露在高温环境（>65C）和PH环境（< 6或> 9）；
2. 未经荧光染色或紫外照射（避免EB染色）；
3. 不包含变性剂（如guanidinium salts 或 phenol）和洗涤剂（如SDS或Triton-X100）；
4. 不包含不溶解的物质；
5. 不包含蛋白、RNA、糖类等污染；
6. 不包含来自原始样本的污染物（如heme, humic acid, polypheno等)；
7. OD260/OD280范围在1.8 - 2.0，OD260/OD230 约为2.0；
8. 基因组DNA总量>5ug，浓度>50ng/ul；PCR产物总量>500ng；
9. 制备好的文库：2100检测图谱和Qubit浓度定量结果；
10. 损伤较严重样品需提前说明，并与仪器操作人员联系；
11. 病毒、致病微生物等危险性样本恕不接收。

仪器说明

1. PacBio RS II测序系统，是基于单分子实时（Single Molecule Real Time, SMRT）DNA测序技术和纳米微孔应用的第三代测序平台。
2. 它能带来测序行业的一致准确性和最长的读长，让科学家能够快速经济地完成基因组组装，揭示并了解表观基因组，以及鉴定基因组变异，是基因组从头测序和全长转录组测序的。
3. 上海交通大学2015年引进了华东地区第二台PacBio RS II第三代测序仪，力争提供更全面的基因组测序服务，助力基因组学研究。
4. 该仪器由分析测试中心生命科学室管理运行。