离子色谱仪的原理是通过将流动相以稳定的流速(或压力)输送到分析系统。在色谱柱之前，样品将被引入样品注射器。流动相将样品带入色谱柱，分离柱中的成分，然后与流动相一起依次流向检测器。在抑制性离子色谱中，在电导检测器前增加一个抑制系统，即使用另一个高压注射泵将再生液输送到抑制器。在抑制器中，降低流动相的背景电导率，然后将流出物引入电导率检测单元，并将检测到的信号发送到数据系统进行记录、处理或保存。
离子色谱是一种高效液相色谱，也称为高效离子色谱或现代离子色谱。与传统的离子交换柱色谱不同，该树脂交联度高、交换容量低、进样量小。当用柱塞泵输送洗脱液时，通常要对洗脱液进行在线自动连续电导率检测。
从水中常见糖类的pKa值可以看出，常见的单糖、二糖和糖醇的pKa值一般在L2-14之间，常见的糖醛酸和糖胺的pKa值小于7。当碱性溶液的酸碱度大于或等于L2时，大多数糖基化以阴离子的形式存在，因此阴离子交换色谱柱可作为洗脱液分离强碱性溶液。
由于糖分子结构的疏水部分，糖的分离机理不仅是阴离子交换，还有疏水吸附。碳水化合物在阴离子交换柱上的保留容量主要取决于其电荷数、分子大小、组成和结构。
安培检测是一种检测技术，它测量电化学活性物质在适当的外加电位下发生氧化或还原反应时电流的变化。糖的分离是在碱性条件下进行的，而金电极的检测条件通常是碱性的。金电极表面可以为糖的电化学氧化提供反应环境。因此，金电极检测与阴离子交换分离有很好的匹配。由于糖的氧化产物会覆盖电极表面，造成不可逆的污染，因此需要选择不同的外加电位对电极表面进行清洗和活化，使电极能够连续工作，即脉冲安培检测。
