蛋白层析柱使用减压洗脱，避免了加压洗脱时玻璃柱爆炸的危险。另外，柱子是用预定量的溶剂洗脱，把溶剂流干直至再加洗脱剂。这些特性，使得干法快速柱层析技术特别适合梯度洗脱。事实上，这也是开发此类层析柱的常选方式。顾名思义，梯度洗脱使用的使极性逐渐增加的溶剂洗脱。
需要的设备很简单，就是把减压抽滤所用的圆柱形多孔漏斗，通过一个锥形插口转换头连接到一个圆底烧瓶上，另外侧边的一个插口连接到水泵。要纯化的样品量决定了使用的漏斗的大小和洗脱液的接收体积。
蛋白层析柱干法装柱是在一个层析柱中直接加入硅胶，填充到你需要的高度，然后向其中加入石油醚，让溶剂*浸润硅胶，直至下端流出。在确保不会干的前提下，上面可以加压，让硅胶填充更紧密。
这样反复操作几次，完成装柱。湿法装柱是先将需要的硅胶加入到一个烧杯中，然后加入石油醚，搅拌除去硅胶中的气泡，然后将硅胶的悬浊液加入到层析柱中，加压让多余溶剂从下端流出，完成装柱。
干法装柱速度比较快，但不太容易装紧密，适合快速分离那些分离度较高或者只有一个点的样品。湿法装柱速度慢，但是柱子比较紧密，适合分离较难分的样品。而且湿法装柱可以预先在拌硅胶的时候加入三乙胺之类的，中和硅胶的微量酸性，对于分离那些硅胶中容易分解变杂的化合物很有效。
