ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）

技术简介

染色质免疫沉淀测序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，ChIP-seq）是一种将染色质免疫共沉淀（ChIP）与二代测序技术（NGS）相结合，用于研究蛋白质与DNA的相互作用的技术。

技术原理

将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合，通过目的蛋白的特异性抗体，将目的蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该目的蛋白结合的DNA。再通过DNA高通量测序，获得该蛋白在染色体上的分布情况。利用该技术不仅可以检测转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究各种组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。

应用领域

1.癌症研究：

鉴定肿瘤特异性表观遗传标记（如SETD2突变导致的H3K36me3缺失），发现潜在治疗靶点。

解析癌基因与抑癌基因的调控机制，为个性化治疗提供依据。

2.发育生物学：

追踪胚胎发育过程中组蛋白修饰的动态变化，揭示细胞命运决定的表观遗传机制。

研究干细胞分化过程中关键转录因子（如Oct4、Sox2）的结合模式。

3.神经科学：

探索神经元活动依赖的表观遗传调控，如学习记忆相关基因的染色质重塑。

4.农业与微生物学：

解析作物经济器官（如种子、果实）的表观遗传图谱，助力抗逆育种。

研究微生物中DNA-蛋白质互作，揭示抗生素耐药性机制。

技术流程

分析流程

部分结果示例