菌落计数器有手动与自动之分，手动也就是由由计数器、探笔、计数池等部分组成；一般使用单位计数不是很频繁，培养的菌体不超过3位数，基本都采用手动就行了；自动菌落技术器有两种，分别为与可与电脑联系，配有系统软件，可将培养皿放在仪器上面由电脑里系统软件识别，计数可以以鼠标点击等方式计数，计数完了可出具数据报告，另一种就是可以在前一种的检测方式上同事还可以检测抑菌圈，大肠杆菌，螺旋分析的功能，一般需要出具数据报告分析及需要进行其他，如抑菌圈测定和大肠杆菌测定的就可以采用全自动的菌落计数仪。
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