生物显微镜与的区别主要是在照明方式与物镜上面：
1、生物显微镜用的是透射照明，一般用来观察透时和半透明的样本，不能用来观察不透明物体，而主要是落射照明方式，光源从物镜射出，主要用于观察不透明样本的表面，当然也有附带透射照明装置的较***，可同时用于观察透明样本。
2、从物镜来看，生物显微镜的高倍物镜都有考虑盖玻片厚度（0.17）和载玻片、培养器皿厚度（1.2），所以其物镜是通常标有/0.17（正置显微镜）、/1.2（倒置显微镜），正置生物显微镜10倍以下物镜则是/-，也就是可以不考虑，这是为了校正玻璃对于光折射的影响，而的物镜通常标有/0。
生物显微镜与及的区别也叫做立体显微镜，与生物显微镜主要区别如下：
一、的工作距离较大，通常可以达到50mm甚至150mm；而生物显微镜的检测物体的工作距离范围很少超过20mm。
二、可以放置较高，较厚的物体，如集成电路块，较大的工件，螺丝，较厚的物体等等，而生物显微镜只能放置薄片，载玻片等等。
三、景深范围较大，可达达到10mm的景深范围，调节聚焦环，相当大的范围可以看见清晰的图像；而生物显微镜可能稍微转动调焦环，就看不清楚了。
四、可以看见立体的图像，因为景深范围较宽的缘故。但是放大倍数较小，一般立体显微镜***倍数***做到200倍左右；而生物显微镜的***放大倍数一般做到2000倍左右，生物显微镜的特性参数正好与相反。所以说，和生物显微镜的适应范围是不相同的，镜头的结构也有所区别
