一般说，洁净区面积较大，多用*空调净化系统完成对各洁净区的净化消毒。其方法是将臭氧发生器直接安装在*空调净化系统的送、回风主管道中或净化空调箱内中效过滤器后端，电源控制箱置于机房内。利用*空调净化系统对洁净区进行消毒，消毒时关闭约90%的新风进口阀门和对外排放阀门，使HVAC系统
与洁净区形成内循环状态。每日做空气灭菌只需开机1~1.5小时左右，代替化学试剂熏蒸蒸作大消毒也只需2~2.5小时。用该方案灭菌的优点是：利用净化风作为臭氧的载体（每分钟约60m3的风量通过臭氧发生器即可），可以使臭氧迅速扩散到HVAC系统所控制的洁净室内，而且臭氧浓度分布均匀，在洁净区域内不增加任何消毒设备，即可达到洁净室的灭菌目的；同时对HVAC系统起到杀灭杂菌和霉菌的效果。
实践中发现，臭氧还能对过滤器起到溶菌疏导的作用，延长其使用寿命。空调系统臭氧应用量的计算方法设：V1为洁净区空间体积，V2为HVAC系统空间体积，V3为保持洁净区正压所补充的新风对臭氧造成的损失。
则灭菌空间的总体积（V）计算为：V=V1+V2+V3
V3的确定：根据实践，归纳出较为可靠的经验公式如下：V3≈HVAC系统循环总风量m3/h*25%（常规新风更换率）×10-20%（保持洁净区正压补充的新风量）×39%（应用臭氧时臭氧半衰期的预算值），即V3=HVAC系统循环总风量×1~2%。
安装臭氧发生器要求首先臭氧发生器安装人员必须要经过技术培训才能开机维修；使用臭氧发生器杀菌时，严禁工作人员在浓度较高的臭氧环境中上班和工作；切记设备保养或维修时 处理电源断掉和把臭氧泄气的状态下进行，能够很好的确保人员安全维修；如有异常，请立即断电或者通知专业的人员进行检修。
合格的接地线，安全可靠的接地，禁止安装在氨气易泄露或有发生爆炸危险的危险区，对工艺流程臭氧发生器的应用方法操作人员应知晓，并且能熟练的操作此臭氧消毒设备。如发生臭氧泄漏的情况需要*时间关闭臭氧发生器，并开启通风设备进行通风处理后，即时退出臭氧发生器使用空间。
