在实际应用中，影响臭氧消毒效果的因素主要有以下几方面：
1、臭氧投放量。在一个车间内，如果臭氧的投放总量达不到预定数值，那么这个车间内的臭氧浓度也达不到要求的标准，消毒效必然受影响。在计算臭氧投放量时，必须考虑臭氧在输送过程中的损耗、其他空间的占用、门窗泄露等综合因素，同时，也必须保证所选用的臭氧发生器能够达到设计要求的臭氧产量。
2、臭氧投放的均匀度。在被消毒车间内，必须保证所有部位的臭氧浓度都能够达到设计标准，否则，在臭氧浓度低的区域，消毒果就会差。为此，在设计消毒方案时，必须周密考虑车间结构、臭氧投放方式、臭氧消毒机性能等因素。特别是选用独立式臭氧消毒机时，臭氧发生器必须具有较强的远距离投送臭氧的能力，否则距离臭氧消毒机较远的地方没有臭氧到达，消毒效果就无法保证。
3、臭氧消毒的时间。在车间内臭氧浓度达到要求后，如果消毒时间不够，消毒效果也会受影响，所以必须保证消毒时间。
4、臭氧消毒机的性能。如果臭氧消毒机的稳定性较差，在使用到一定时间后，臭氧产量就会急剧减少，会严重影响消毒效果。同时，在对长度较大的车间消毒时，独立使用的臭氧消毒机必须具有较强、较远的臭氧输送能力。
5、其它。车间内环境温度、湿度、粉尘土、设备数量、密封程度、空气洁净度等，都会影响臭氧的消毒效果。
