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该系统的主要影响因素是因在蛋白上引入标记物可导致蛋白生物活性改变，因为标记的结果，本质上是制造了一个由目的蛋白和标记物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此，使用该技术时，应该认识到是研究新的蛋白特性，而不是研究蛋白的原来特性。但实践经验表明这并不成为很大的问题，通过标记蛋白获得的信息可以采用针对原始未标记蛋白的抗体证实。
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