色谱仪的故障现象是多种多样的，而且故障产生的原因也是多方面的，必须要采用部分检查的方法，即排除法，才可缩小故障的范围。对于气路系统出现的故障，不外乎就是各种气体（特别是载气）有漏气的现象、气体不好、气体的稳压稳流不好等等。
例如：基线如果始终向下漂移，即“电平”值逐渐的变小至负数，这很有可能是载气泄漏，那么就要查找各个接头的部件是否有漏的现象，若不漏而基线仍然漂移，则有可能是电路系统的故障。色谱气路上的一些故障，分析工作者可以找妻并排除，但要想排除电路上的故障则并非易事，就需要分析工作者有一定的电子线路方面的知识，并且要弄清楚主机接线图和各系统的电原理图（尤其是接线图）。在这些图上清楚的画出了控制单元和被控对象间的关系，具体的标明了各接插件引线的编号和去向，按图去检查电路、找寻故障是非常方便的。
若出现基线不停的抖动或基线噪音很大时，可先将放大器的讯号输入线断开，观察基线情况，如果恢复正常，则说明故障不在放大器和处理机（或记录仪），而在气路部分或温度记录仪控制单元；反之，则说明故障发生在放大器、记录仪（或处理机）等单元上。这种部分排除的检查故障方法，在实际中是非常有用的。
腾州赛谱色谱仪专家提示，要分析和判断色谱仪的故障所在，就必须要熟悉气相色谱的流程和气、电路这两大系统，特别是构成这两个系统部件的结构、功能。
