在超声清洗过程中，主要的清洗工作都在超声清洗槽中完成。清洗槽是一种容器，内盛清洗液和被清洗工件。一般被清洗工件不是直接放置清洗槽中，而是盛在专用的网孔框中，或者挂在专用支架上悬于清洗液中，以避免直接压在清洗槽底上。通常采用专用胶直接粘在清洗槽底板上，或根据清洗要求粘在槽壁上。为提高清洗效果，清洗槽上可根据需要加装加热器和控温等辅助装置。
尺寸大小是超声清洗槽的主要参数指标，清洗槽的大小对应换能器传递的声功率，清洗槽的容积越大需要的超声功率也越大。通常清洗槽的尺寸设计是根据清洗的需要来进行确定。针对大批量的清洗必须选用较大的清洗槽，恒温槽但如果选用的清洗槽过大又会造成功率的浪费。针对小型零件的小批量清洗就要选择较小尺寸的清洗槽，但是如果选用的清洗槽过小就会限制被清洗工件的尺寸和数量。
几何形状是超声清洗槽设计的关键。一般情况下，小型的超声波清洗装置可采用圆形或正多边形，如六角形等。中等功率的超声波清洗装置则采用方形。大型工业清洗线采用长方形清洗槽。
由于超声波的作用区域被限制在清洗槽内部，超声波细胞破碎仪所以清洗槽的几何形状会直接影响到超声波声场在其中的分布。清洗槽的形状合适，能使超声声场在其中分布的比较均匀。如将其中一个底角截成等腰三角形或用斜四棱台式清洗槽，被清洗工件在清洗槽中任何位置都能得到有效的清洗。通常的清洗槽都采用对称的几何形状。
