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离子交换层析是指离子交换层析固定相中的一些带电荷的基团（如SO3-、COO-、NH3+等）， 这些带电基团通过静电相互作用与带相反电荷的离子结合，特别适用于分析电离或能电离的化合物。如果流动相中存在其他带相反电荷的离子，这些离子将与结合在固定相上的反离子进行交换。当样品进入层析柱后，样品离子便与流动相离子相互竞争固定相表面的电荷位置，并因竞争力的差异使样品组分得到分离。
离子交换层析的固定相是离子交换剂。离子交换剂由聚合物(或硅胶)基体以及与基体相连接的离子交换功能团组成。离子交换层析通过电荷间的相互作用进行分离。
离子交换层析的关键是要控制样品离子与流动相离子对固定相表面电荷位置的竞争作用。
为得到最佳的分离条件，可控制以下几个方面的选择：
阴离子交换分离原理
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