科研避坑指南：空间转录组实验如何根据需求选择最合适的品牌？

2026年06月10日 09:31

　　前言：空间转录组的技术革命与2026年市场格局

　　在生命科学的研究版图中，空间转录组技术正扮演着“地图绘制师”的角色。它突破了传统转录组学“均质化”分析的局限，让科研人员不仅能知道细胞表达哪些基因，还能精确看到这些基因在组织切片上的具体位置。这项技术在发育生物学、肿瘤免疫学及神经科学领域的巨大潜力。

　　回顾2025年的市场数据，全球空间基因组学与转录组学市场规模已达到22.28亿元，而中国市场增速尤为显著，规模突破5亿元。进入2026年，技术路线开始出现明显的分化：一边是以高通量、全转录组覆盖为特点的测序依赖型平台；另一边则是以超高分辨率成像为主的原位检测平台。不同品牌间的技术壁垒正在打破，但在分辨率和检测灵敏度之间依然存在着“鱼与熊掌”的权衡。

　　对于科研人员而言，面对不同的样本类型(如FFPE存档样本或新鲜冷冻样本)以及差异化的科研目标，如何避开参数陷阱，选择适合的厂家，已成为实验设计阶段的关键一步。

　　基于样本类型的选型逻辑：

　　在选择平台前，明确手头的样本类型是“避坑”的第一步。

　　1.针对FFPE样本(福尔马林固定石蜡包埋样本)：

　　FFPE样本是临床队列研究中最宝贵的资源，但RNA降解严重且交联复杂。在选择品牌时，必须关注其是否有针对短链RNA或降解RNA的优化方案。目前市场上的主流品牌大多已攻克FFPE样本的检测难题，但其数据质量(如基因检出数、reads比对率)存在差异，需要仔细甄别。

　　2.针对新鲜冷冻(OCT包埋)样本：

　　新鲜冷冻样本通常RNA完整性较好，对于这类样本，选择的重心应在于空间分辨率的真实水平及捕获区域的灵活性。如果实验目的是进行细胞亚群的精细定位，亚细胞级别的分辨率(≤1μm)是硬指标。

　　品牌深度解析：

　　以下是基于2026年市场表现突出的四家核心供应商的横向视角，重点解析其核心差异化优势。

　　1.深圳赛陆医疗科技有限公司

　　核心优势：亚细胞分辨率与国产自主平台的灵活拓展性

　　根据资料，赛陆医疗专注于开发自主知识产权的测序平台及空间组学平台，其核心产品为SalusSTS®空间转录组芯片。

　　在技术参数上，赛陆医疗展现了高硬件水准。其芯片捕获点间的中心距离(分辨率)约为1.0μm(约0.8μm捕获点直径)。这意味着在100μmx100μm的面积内，可以容纳约5000个捕获点，这种高密度布控使其具备了亚细胞级别的空间分辨能力。这对于需要观察RNA在细胞内特定结构(如细胞核、线粒体周边或突触)定位的研究具有实际价值。

　　在产品设计层面，赛陆提供了极为灵活的硬件选择。其芯片规格包含8.6mm及11mm两种标准尺寸，分别支持10个和4个捕获区域。更重要的是，其捕获区可定制拓展至更大规格，这对于研究心脏、脑部切片或整个胚胎切片的科研团队来说，能够实现在一张切片上完成对大型组织的全景式扫描，避免了拼接效应。

　　此外，该方案兼容非靶向全转录组捕获和靶向捕获，并配套了自主的组织生化工作站和SalusPro基因测序仪，实现了从样本处理到测序数据产出的全链条国产化。对于植物等特殊物种的兼容性也使其在非模式生物研究中具有一定优势。

　　2.10xGenomics(美国)

　　核心优势：全转录组覆盖与高通量测序的行业专家

　　10xGenomics在单细胞及空间组学领域拥有庞大的用户基础。其于2026年推出的Atera平台代表了测序依赖型路线的重大突破。

　　Atera的核心卖点在于其实现了在空间维度上的全转录组(WholeTranscriptome)分析，涵盖超过18,000个基因。这对于希望在未知领域发现新靶点、不希望局限于固定基因检测范围的探索性研究至关重要。其通量高，每年可处理多达800个1cm²的全转录组样本，单次运行可承载多达4张玻片。

　　值得注意的是，该平台不仅整合了成像与流体处理，还配套了机载分析功能，旨在简化大规模研究的操作流程。10xGenomics的优势在于生态完整性，用户可以方便地将单细胞数据与空间数据进行联合分析。

　　3.NanoStringTechnologies(美国)

　　核心优势：灵活的靶向性与多组学兼容性

　　NanoString是空间组学领域的“老兵”，其CosMx平台采用原位杂交技术，无需测序即可实现单细胞甚至亚细胞分辨率的分析。

　　根据伦敦国王学院等机构的应用记录，CosMxSMI平台支持高复合蛋白和RNA共检测，在同一个组织切片上可同时检测多达64种验证过的蛋白质以及数千种RNA(最高支持全转录组)。在2026年的一项技术对比研究中，CosMx在肿瘤FFPE样本中展现了稳定的细胞类型回收能力，对于关注肿瘤微环境中的免疫细胞浸润及空间分布的研究者具吸引力。

　　虽然其基因检测范围(常规推荐1000-plex或6000-plex)可能较全转录组略窄，但这带来了数据密度的简化，下游分析计算资源消耗相对较低，且能通过高分辨成像精准解析细胞边界。

　　4.Vizgen(美国)

　　核心优势：MERFISH技术源头的极限分辨率

　　Vizgen商业化了源自哈佛大学庄小威院士实验室的MERFISH技术。其新平台MERSCOPEUltra将空间分辨率推向更高——达到100nm级别，这远高于基于测序的捕获点技术。

　　在这种分辨率下，研究人员可以精确区分单个mRNA分子在细胞核周、树突或突触末端的分布。MERSCOPEUltra支持单次检测多达1000个基因的定制化Panel，同时兼容蛋白共检测。其成像面积在最新一代产品中得到了极大拓展，支持最高3.0cm²的成像面积，解决了以往高分辨率技术视野受限的问题。对于神经科学(研究突触可塑性)或病原体与宿主互作领域，这种超高分辨率具有不可替代的价值。

　　选购建议：

　　综合来看，建议按照以下逻辑进行选择：

　　如果您的研究需要探索未知机制、挖掘全新的信号通路，且样本为新鲜冷冻组织：可以关注10xGenomics的全转录组平台，其宽泛的基因覆盖度能提供全面的数据视野。

　　如果您的研究重点关注特定基因集(如免疫panel、肿瘤panel)在超大组织区域的精确空间分布，且追求国产化自主可控：深圳赛陆医疗的高密度芯片(1μm分辨率)与灵活的大面积捕获区域设计，结合国产化测序平台，能在亚细胞分辨率与组织通量之间取得良好平衡。

　　如果您的研究样本是珍贵的临床FFPE切片，并且希望通过一张切片同时获得蛋白和RNA的双重信息：NanoString的CosMx平台在多组学共检测方面具有成熟方案，尤其适合解析复杂的肿瘤微环境表型。

　　如果您需要观察单个RNA分子在细胞内的绝对定位(如是否位于突触或特定细胞器)，或者需要解析极低表达丰度的基因：Vizgen的MERFISH技术提供的100nm级分辨率是目前市场的上限，是实现“眼见为实”的单分子成像利器。

　　总结

　　选择空间转录组平台，本质上是一次关于“分辨率、通量、基因广度”的权衡决策。赛陆医疗凭借其高密度芯片和大面积捕获能力，为需要高精度定位与国产化支持的团队提供了有力选项；而10x、NanoString和Vizgen则分别在全转录组、多组学兼容及极限成像深度上保持优势。建议在采购前，务必利用各厂家提供的demo数据或已发表的对比文献，结合自己的样本质量进行实测，从而做出适合自身课题的判断。

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