石英亚沸蒸馏水器在使用一段时间后，水垢就聚在横式烧瓶内及加热管表面上，这时必须要进行清洗，清洗的次数主要视自来水的硬度和使用时间而定，如仪器长时间不进行清洗，要影响蒸馏效果，严重的要损坏加热管，并且清洗时间要延长。
　　
　　石英亚沸蒸馏水器的安装方法如下：
　　
　　1、把石英亚沸蒸馏水器平放在工作台上（靠近水源及电源），将冷凝器磨砂口一端插入横式烧瓶的磨砂口上方即。
　　
　　2、可将溢水口胶管与冷凝水出口胶管引入废水池；再将冷凝进水胶管与市售自来水管相连；然后把进水胶管与被蒸原水相连，原水进水胶管加装一止水夹，zui后将冷凝器接口胶管与接受瓶相连即可。
　　
　　石英亚沸蒸馏水器清洗步骤如下
　　
　　1、切断电源，关上自来水。
　　
　　2、加入浓盐酸100ml到横式烧瓶内，与瓶内的水释盐酸，如积垢较多盐酸可多加一些，数分钟后由水位器放出，zui后用自来水冲洗数次，为了清除微量盐酸，可将烧瓶前后摇动，使不易清洗的死角冲洗为上。
　　
　　3、再次蒸馏时，开始10分钟内所蒸馏的水，舍去不用。