医院污水的水质特点是含大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十至几百个。医院污水还含消毒剂、药剂、等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含放射性物质。医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的候等因素关，按每张床计一般为每天200~1000升。
医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。

医院出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。

医院污水处理过程中出的污泥按每张床计，每天平均为0.7~1升，含水95%，含污水中病原体总量的70~80%，必须进行消毒处理。消毒方法加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能(高温堆肥)，的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理(见污泥焚烧)。化学药剂消毒可用石灰、氨水、苛性钠等。有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上。

根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。主要采用的工艺有三种：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。医院污水处理一般采取工程设计、建设及验收的操作与管理办法，其处理设施需经过一定时间的试运行，处理效果才能达到预期目的。化学法治理需经一个月的试运行，二级生化法处理需经三个月以上的试运行。因此，小型综合医院（主要包括城市卫生服务社区、乡镇卫生院）亟需寻求一种资金投入较少、建设周期较短、安全稳妥达标的技术方案（设备）。

通常采用物化+生化方法处理，主要工艺有：絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+深度氧化(生化)+消毒---达标排放

絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+MBR(生化)+消毒--->达标排放

物化：主要是让微生物无法分解的有害沉淀，将絮凝剂、混凝剂等化学药剂加入污水，将有害物转移至污泥，通过处理污泥达到目的。

生化：是人类发现自然界水体中的微生物对有机物的分解能力，分析总结出：不同环境下的微生物能分解不同有害物，一般采用的是厌氧菌+好氧菌培养，即水解酸化和深度氧化。