客户文章（Plant Com) ▏DAP-seq助力揭示甘蓝型油菜早花的遗传机制

突破性发现！油菜BnaC3.LFY基因内含子变异调控开花时间，助力精准育种。DAP-seq和RNA-seq联合分析双剑合璧，结合SV-GWAS结果，从多个维度进行深度的数据挖掘，更全面、更深入地理解生命活动的奥秘。

2025年3月15日，浙江大学朱杨课题组在《Plant Communications》（IF=9.4）上发表了题目为“The Intronic Structure Variation of Rapeseed BnaC3.LEAFY Regulates the Timing of Inflorescence Formation and Flowering”的研究论文。该文章通过DAP-seq技术联合RNA-seq，解析了甘蓝型油菜BnaC3.LFY早花的遗传机制，为甘蓝型油菜早熟育种提供了基因资源和理论依据。

研究背景

甘蓝型油菜（Brassica napus）作为第二大植物油来源，其花序形成和开花时间直接影响产量。尽管单核苷酸多态性（SNP）研究较多，但结构变异（SV）对农艺性状的贡献尚未充分探索。

研究结果

1、本研究通过对300份核心油菜种质的重测序分析，鉴定出42,384个高质量SV。为了识别与花序形成相关的SVs，作者进行了全基因组关联研究（SV-GWAS）。结果显示有7个遗传位点以及11个相关的候选基因与早花序形成相关。并发现位于 BnaC3.LFY 基因第二内含子的LINE反转录转座子插入（Hap1 单倍型）与油菜早花表型显著相关。

2、为了进一步研究BnaC3.LFY调控机制，作者进行了DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 鉴定出超过5万个结合位点，覆盖基因启动子、内含子及远端调控区。结合RNA-seq数据与CRISPR突变体分析，揭示了3种核心结合序列（如 WTTAHCCAWTGG、KACACACTGGAC 等），这些基序与拟南芥AtLFY的经典基序（CCANTGG）既保守又存在物种特异性分化。BnaC3.LFY通过直接调控72个基因（如开花整合因子、分生组织决定基因），形成剂量依赖的级联调控网络。

3、通过基因敲除和跨物种功能保守性验证，进一步证实内含子调控功能在植物中具有进化保守性，为作物改良提供了普适性策略。