本序列扫描仪由获奖的光学，电子和软件设计等几部分组成。因其价格区间和台式小巧的设计，使它非常适合个人实验室使用。分辨率 5-100 微米/Pixel，且用户可调，8个滤光片位置的滤光片轮，2 个激光选择，顺序扫描。
产品概述：
GenePix 4100A 是 MD 公司推出基础款微阵列基因芯片扫描仪，采用非共聚焦光路，在两个波长下（532nm/635nm）分别扫描读取数据；配有 2个半导体激光器，激光器输出功率固定，并利用自动温度控制和自动功率控制反馈回路保持输出功率稳定；分辨率在 5～100 μm 范围内可调，分辨率为5 μm 时扫描时间为12分钟，分辨率为10 μm 时扫描时间为5分钟；可扫描 25 mm×75 mm 尺寸的标准生物芯片，用户可定义的扫描面积为 22 mm ×73 mm；光电倍增管测量，16位数字化信号输出；硬件和软件高度集成，GenePix 4100A 微阵列基因芯片扫描仪具有基因芯片扫描仪所有的特质：如超高灵敏性，可靠性和易操作性。实惠的价格和紧凑设计使得它更适合在小实验室中使用。
主要特点：
1.采用非共聚焦光路设计：GenePix 4100A 具有大景深检测能力，可以在各种微阵列芯片表面收集更多的光学信号，同时也能够避免附近杂散光的干扰。
2.内置多位的滤光轮，可大大提高荧光染料检测的灵活性：GenePix 4100A 中设计有一个8位的发射滤光片转轮，标配有红色和绿色滤光片。根据需要还可以再装6个滤光片，提高了灵活性。
3.动态监测激光光源：GenePix 4100A 采用的激光器，配合了的强度校正系统，保证在图像中的所有像素点具有相等的曝光效率。内置所有激光器均具有自动校正功能，可以动态监测激光器微小的波动，大大提高了信号噪声比，保证获取的数据具有高度重复性。
4.PMT 自动平衡技术以及分辨率调节技术于一体：GenePix 4100A 支持用户在 5-100 μm范围内随意调节其分辨率来获取数据。可针对具体实验的需求优化图像分辨率和文件的大小，并且具有自动调节 PMT 增益的功能，可简便、快速对信号强度和通道的平衡进行优化。
应用领域：
基因芯片技术：DNA基因表达、阵列比较基因组杂交 (aCGH)、染色质免疫沉淀 (ChIP-on-Chip)、拷贝数变化 (CNV)、DNA 甲基化、SNP 分型、杂交测序、RNAi 和 microRNA 检测
蛋白芯片技术：蛋白质组学、ELISA、抗体芯片、抗原芯片、蛋白-蛋白结合、蛋白-细胞相互作用、组织微阵列、细胞微阵列、碳水化合物微阵列、化合物微阵列、微流控芯片、纳米技术微阵列
实验举例：
正常情况下，人类基因组“垃圾”序列的 CpG 二核苷酸相对稀少，并且总是处于甲基化状态，与之相反，人类基因组中大小为100-1000 bp 左右，富含 CpG 二核苷酸的 CpG 岛则总是处于未甲基化状态，并且 CpG 岛常位于转录调控区附近，与56%的人类基因组编码基因相关，因此基因转录区 CpG 岛的甲基化状态的研究就显得十分重要。利用芯片扫描仪可分析测试 DNA 的甲基化水平并与参考 DNA 进行比较。
