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BioIT解决方案

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  • 所在地上海
  • 更新时间2023-08-04
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上海泽泉科技股份有限公司(Zealquest Scientific Technology Co., Ltd.)成立于2000年,是一家专注于科研设备研发、系统集成、技术推广、咨询、销售和科研服务的科技型技术企业。公司注册资金3500万元人民币,具有进出口贸易权。


公司总部位于上海浦西,在北京设有分公司,在广州、成都、武汉分别设有代表处。公司全体员工均具有高等教育背景,其中80%的技术研发、技术支持和销售人员具有硕士和博士学位,参加过很多国家和省部级重大科研项目,具有丰富的科研工作经验。公司曾获得上海市高新技术企业、上海市普陀区科技小巨人企业、上海市科技型企业中华全国工商联合会/上海市工商联合会/上海市商会会员单位,曾是上海市专业技术服务平台——生理生态测量与分析平台的依托单位和上海市高新技术成果转化项目承担单位。2012年公司通过了ISO9001质量管理体系认证,获得三A信用资质等级认定,获得普陀区科技小巨人企业认定,成为上海市研发公共服务平台加盟单位和“上海市工商联合会”/“上海市商会”会员单位 。2015年获得“专精特新”中小企业认定。2016年成为“上海市生态学学会常务理事单位”和“上海种子行业协会”会员单位,2017年成为“上海市农业工程学会理事单位”。


上海泽泉科技股份有限公司非常注重自主知识产权的申报和保护,公司及子公司上海乾菲诺农业科技有限公司截止2024年底已获得发明8项、实用新型54项及软件著作9项,国内外科研期刊发表科研论文20多篇。公司还参与承担了国家自然科学基金重点项目(41030529)和水利部948项目(200907)。


公司秉承推进中国生态环境改善、科技兴国的理念,服务涉及机器人与人工智能应用,生命科学多组学研究,植物表型与植物生理生态、生物育种技术平台建设;土壤、环境气象、水文水利与海洋等领域的新技术资讯和产品解决方案,服务对象主要为各级科研单位、高校和政府机构。公司先后为科技部“973”项目和“863”项目、国家科技重大专项、国家科技支撑计划、国家“211”工程和“985”工程、中科院知识创新工程、农业部“948”项目、水利部“948”项目等提供技术咨询、仪器设备、系统解决方案和系统集成服务,为项目的顺利完成提供了有力支持。


多年来,公司积极参与相关领域的学术会议,并定期举办相关仪器设备的技术讲座和培训班,在科研和监测领域产生了积极的反响,获得了良好的口碑。截止2024年底,泽泉科技举办公开技术讲座275多场,参会人员超过15000人次;同时在国内外应邀参加学术会议和展会296多次,与相关领域的客户有非常密切的交流合作。


2014年2月,上海泽泉科技股份有限公司在上海浦东孙桥现代农业园区投资成立了上海乾菲诺农业科技有限公司,建设了AgriPhenoTM “高通量植物基因型-表型-育种服务平台”,为植物科研和育种单位提供全面的样品收集和栽培,实验设计和项目合作,以及表型数据与生物信息学分析综合服务。平台成功主持了上海张江国家自主创新示范区专项发展资金重点项目“泽泉科技高通量植物基因型-表型-育种服务平台”。作为主持单位或合作单位参与了上海市农委和科委的30多项政府科研服务项目以及商业服务项目,如科技兴农种业发展项目“农作物分子育种的技术创新研究”和“青菜高通量表型图谱标准的建立及主要性状分析”、科技兴农重点攻关项目“基于图像分析及三维建模技术的黄瓜长势快速评价方法研究”、 “兰科观赏花卉分子育种技术研究与产业化应用”等。为了紧追世界科技发展水平,开启院企合作建立研究型平台的创新尝试,上海泽泉科技股份有限公司与上海市农业科学院,结合双方各自的优势,于2021年5月在上海农业科学院庄行试验站联合成立“上海市农业科学院庄行综合试验站泽泉科技植物表型技术研究平台”,AgriPhenoTM平台从上海浦东孙桥现代农业园区整体迁出,并入新建的植物表型技术研究平台。目前平台除拥有无人机表型平台、温室型和实验室型高通量表型分析系统外,还拥有现代化温室、生物学实验室、植物生理生态测量设备、农业气象测量系统和专业的数据库平台,已经具备了对植物、动物基因测序与植物表型研究的各类条件。可以承担高通量DNA提取、基因测序服务、分子辅助育种、植物生理生态研究等科研实验任务。同时可以为植物功能基因组、农业育种家提供高通量植物基因型测试、高通量植物表型测试和植物基因型-表型生物信息学数据分析等开放式服务。


近年来,随着“生物技术+人工智能+大数据、信息技术”为特征的第四次种业科技革命不断孕育,国际大型种业公司规模不断扩大,种业市场集中度持续提高。生物育种是种业创新的核心,构建现代生物育种创新体系,强化种质资源深度挖掘,突破前沿育种关键技术,培育战略性新品种,实现种业科技自强自立,是解决种源要害、打赢种业翻身仗的关键,也是牢牢把握住粮食安全主动权的根本保障。在这个大背景下,2022年9月,北大荒垦丰种业、上海泽泉科技联合成立北大荒垦丰种业-泽泉科技生物技术与表型服务中心(KA-BPSC),集中优势资源、整合集体力量,为解决种业种源“卡脖子”技术难题,打赢种业翻身仗贡献力量。


展望未来,上海泽泉科技股份有限公司希望在社会多方资源的支持和关怀下,不断提升自己,为社会提供更多、更优秀的产品和服务!


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BioIT解决方案
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n  慧算生物信息平台整体解决方案

慧算生物为生命科学相关科研机构、基因测序公司等用户提供专业的生物信息平台的软硬件一体化解决方案,目的是为客户提供无忧后台支撑,使科研工作者和相关公司聚焦其核心业务。

该整体解决方案,是为客户提供定制化的软硬件系统集成服务,既包括了服务器、存储、网络、文件系统、操作系统、集群管理软件等IT基础设施;也包括了全基因组、全外显子、转录组等各种多样化的生物信息数据分析流程的搭建;提供从软件到硬件的全系统维护;提供在云端的“慧算生物信息云”服务;为复杂的高级定制数据分析提供外包服务;并依托“慧算生物信息学院”提供集中式或定制化培训服务以及考试认证;另外,慧算还提供相关的知识库、数据库等。


n  高性能计算与海量存储系统

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应用场景一:测序仪配套高性能计算和存储系统

    针对Illumina 大型测序仪提供海量的并行文件存储系统和适当规模的高性能计算系统。目前通量(双流动槽)的一套测序系统三天一轮能产生约18T的碱基数据。


基因测序与分析一般包含三大阶段:

阶段一:Illumina 测序仪采集数据并经过处理后产生fastq格式原始文件;

阶段二:Tophat/BWA/Bowtie等软件读取fastq格式文件及人类参考基因组索引,经过序列比对生成BAM格式文件;

阶段三:GATK/samtools等软件或其他基因分析类软件如Manta/Varsand等基因结构变异检测软件、CNVnator基因拷贝数变异检测软件等读取序列比对后的BAM文件,最终进过分析处理生成VCF格式文件。

需要PB级的大规模横向扩展能力和并行文件系统存储设备,以及数十个高性能计算的节点。一方面满足测序仪大量fastq文件存储需求,另一方面满足生物信息数据分析的计算资源和存储资源需求。

 

应用场景二:De novo组装分析

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De novo组装分析包括三个阶段:

阶段一:测序仪采集数据并经过处理后产生fastq格式原始文件;

阶段二:对 fastq格式文件进行质量控制,并经过序列拼接生成contig/ scaffold拼接结果文件;

阶段三:Glimmer等预测软件对contig进行基因预测并对预测的基因进行功能注释。

 

n 搭建生物信息分析流程  

高通量测序数据金标准分析流程 + 定制化分析流程

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l  预置三大类共九套高通量测序数据金标准分析流程,满足绝大多数测序项目的分析需求

l  提供数据分析软件及数据库的定期维护和升级

l  提供生物信息人员远程指导及到场培训

l  提供特殊分析流程定制和布置服务

基因组工作流整合了一些分析软件和相关生物信息学数据库,把原始序列数据(fastq)处理为变型(VCF)数据。每个框表示一个分析模块,由集成的基因组分析软件组成,如数据质量控制、序列比对、变异提取和变异注释分析等模块。这些模块自身可作为独立工作流被使用,也可以按照逻辑关系被连接到一个更大的工作流中。

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基因组工作流展示


 

 

 

高度集成各类生物学软件及数据库

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