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免疫共沉淀的优点
1. 相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态。
2. 蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响。
3. 可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。
免疫共沉淀的缺点
1. 可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；
2. 两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；
3. 必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
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