IV-S是由硫酸乙酰肝素经肝素酶III降解后产生的不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

III-H是由N-脱硫酸化肝素经肝素酶II降解后产生的不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

III-A是由肝素经肝素酶II降解后产生的少量不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

II-A是由肝素和硫酸乙酰肝素经肝素酶II和肝素酶III降解后产生的不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

I-H是由N-脱硫酸化肝素经肝素酶II降解后产生的主要不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

IV-A是由硫酸乙酰肝素经肝素酶III降解后产生的不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

I-A是由肝素经肝素酶II降解后产生的少量不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

III-S是由肝素经肝素酶I和肝素酶II降解后产生的不饱和二糖，可作为HPLC法肝素结构解析的对照品，或进行化学修饰。

检测肝素原料药中的反刍（牛，山羊，绵羊）DNA和猪DNA，借此确定肝素的动物来源。

肝素酶I切断肝素和硫酸乙酰肝素(相对活性约3:1)在葡萄糖胺和O-硫酸艾杜糖醛酸之间的连键，产物主要是二糖。此酶也能切断肝素分子中的抗*III结合五糖位点。

肝素酶III切断硫酸乙酰肝素在葡萄糖胺和葡萄糖醛酸之间的连键，产物主要是二糖。此酶对肝素及低分子肝素无活性。

肝素酶III（heparinase III）可降解乙酰肝素，是肝素结构研究、临床诊断和工业质控的有力工具。