二氧化碳培养箱须先经过清洁才能实现消 毒和灭 菌的目的，许多杀 菌剂只对经过清洁过的物品才具有杀 菌活性。清洁时须使用与以后使用的消 毒剂或杀 菌剂化学性质上相容的试剂进行清洁、消 毒。
①清洁箱体表面：先拂去表面的灰尘，再用湿的海绵或软布清洗，再用软布擦干。如果有污物则用低浓度的清洁剂清洗，然后擦干。
②清洗箱体内部：选择合适的消 毒剂。所有的物件和表面须清洗，然后用无菌水冲洗，再擦干或晾干。
③清洗玻璃门：清洗箱内的玻璃门时使用的清洁剂和清洗培养箱内部时使用的相同。然后用蒸馏水漂洗，从而清 除残留的清洁剂，用软布把门擦干。
二氧化碳培养箱的消 毒和灭 菌
消 毒是指杀 死微生物的物理或化学手段，但不除其孢子。灭 菌是指杀 死所有微生物，当培养箱内细胞受到污染时则需要采取灭 菌措施。一般，在培养箱内细胞没有污染的情况下平均1-3个月消 毒一次。3种消 毒灭 菌的方式是：液体消 毒剂、紫外和加热。
①液体消 毒剂：选择对培养箱无腐蚀性的液体消 毒剂，并且液体消 毒剂的消 毒效果好坏和很多因素有关。比如：场所的温度、接触时间、pH、穿透能力、有机物的反应。这些因素中的一些很小的变化可能会造成去 污剂的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情况下，当要求须无菌时，液体去 污剂也不是可信赖的去 污方法。
②紫外消 毒：一般先用蒸馏水清洗干净后，再用培养箱自带的紫外灯照射一 天或者用手提式的紫外灯照射。因被遮挡时或距离远时都会削弱紫外灭 菌的效果，紫外灭 菌方式较为简单。
③加热：湿热和干热被认为是杀 菌的方法。在一般环境下，高压灭 菌器加热到121℃快速产生蒸汽是的方法，但是二氧化碳培养箱无法进行高温高压灭 菌，只能退而求其次进行90℃湿热灭 菌，但90℃因为温度过低，起不到100℃以上水蒸汽所带来的渗透性和高压力效果，所以灭 菌效果也大打折扣.而干热140℃-180℃，可以起到灭 菌的作用。
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